酵母菌代替不了酒曲。酵母是它是单细胞生物真菌，在有氧无氧的环境中都可以存活，是属于兼性厌氧菌。酵母菌可以作为食用、作药用、作饲料用。在经蒸制的白中移入曲霉的分生孢子,随后隔热保温，小米粒上面会茂盛地生长出菌丝，此即酒曲。酒曲主要用来生产制造酒、甜酒和豆酱等。两者之间彼此所携带的菌种不一样，因此作用的群体也不相同。酒曲主要运用于酿酒，它有促进酒精生成的菌群；酵母菌主要运用于面点的发酵，它会使和好的面更为蓬松绵软，吃起来口感更佳。

作食用的酵母菌包含茶酵母菌、啤酒酵母、面包酵母。中面包酵母又分为压榨酵母菌、活性干酵母和快速活性干酵母。酵母是基因克隆实验操作中常见的真核生物受体细胞，因此培养酵母菌和培养大肠杆菌一样方便。酵母菌克隆载体的类型也非常多。酵母菌也是有质粒载体的存在，这类2μm长的质粒载体称为2μm质粒载体，约6300bp。这类质粒载体至少很长一段时间存在于细胞核内染色体之外，利用2μm质粒载体和大肠杆菌中的质粒载体还可以构建成能穿梭于细菌与酵母菌细胞之间的穿梭质粒载体。酵母菌克隆载体全部都是在此基础上建立起来的。

酵母是它是单细胞生物真菌，并不是系统演化分类的单元。它是人眼看不到的微小单细胞生物微生物菌种，能把糖发酵成酒精和二氧化碳，分布于整个自然界，这是一种典型的异养兼性厌氧微生物菌种，在有氧无氧环境下都可以存活，这是一种纯天然发酵剂。