按制曲原料来分主要有小麦和稻米。故分别称为麦曲和米曲。用稻米制的曲，种类也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米饭制成的红曲或乌衣红曲，米曲（米曲霉）。

按原料是否熟化处理可分为生麦曲和熟麦曲。

按曲中的添加物来分，又有很多种类，如加入中草药的称为药曲， 加入豆类原料的称为豆曲（碗豆，绿豆等）。

按曲的形体可分为大曲（草包曲，砖曲，挂曲）和小曲（饼曲），散曲。

按酒曲中微生物的来源， 分为传统酒曲（微生物的天然接种）和纯种酒曲（如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲）。